Структурное подразделение: Научно-исследовательский институт молекулярной и клеточной медицины медицинского института.
Лаборатория биологии единичных клеток специализируется на применении различных молекулярно-генетических методов исследования отдельных клеток и подходов биоинформатического и системного анализа для понимания механизмов биологических процессов и особенностей функционирования живых организмов как в нормальных, так и патологических условиях.
Ресурсы
Лабораторная база позволяет использовать методы исследования:
- Секвенирование ДНК и РНК единичных клеток
- Пространственная транскриптомика
- Полногеномное, полноэкзомное, полнотранскриптомное, бисульфитное и таргетное секвенирование
- Биоинформатический анализ
В парке оборудования
- Станция Chromium X (10x Genomics, США)
- Секвенатор Genolab M (GeneMind Biosciences, Китай)
- Сканер цифровой гистопатологический KF-PRO-005 (KF-BIO, Китай)
- Система Qsep400 (BiOptic, Китай)
- Флюориметр Fluo-100 (Allsheng, Китай)
- Диссоциатор DSC-400 (RWD Life Science, Китай)
- Термоциклер GeneExplorer (Bioer, Китай)
- Реал-тайм термоциклер Q2000 (LongGene, Китай)
Команда представлена специалистами в области цифровых технологий, молекулярной биологии и клинической медицины с опытом в сфере анализа больших данных, молекулярно-генетических и клеточных исследований и клинического ведения пациентов.
Возможности
- Выявление генетических вариантов (SNV, indel, CNV) и эпигенетических модификаций
- Оценка экспрессии генов и некодирующих РНК
- Обнаружение и построение генных регуляторных сетей
- Идентификация типов и популяций клеток
- Определение межклеточных (лиганд-рецепторных) взаимодействий
- Анализ траекторий дифференцировки (развития) и филогении клеток
- Исследование метагенома
Партнеры
- Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН
- НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева
- НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина
- Институт системного программирования им. В.П. Иванникова РАН
- Разработка молекулярного атласа злокачественных лимфопролиферативных заболеваний детского возраста.
- Создание молекулярного атласа сарком мягких тканей.
Разработана уникальная методология секвенирования ДНК и РНК единичных клеток, пространственной транскриптомики и биоинформатического анализа для изучения «молекулярного портрета» каждой клетки по отдельности с сохранением структуры ткани и расположением клеток. Это позволяет расшифровывать клеточную гетерогенность, понимать организацию тканей и органов, выявлять механизмы протекания биологических процессов и происхождения клеток, идентифицировать клинически-значимые популяции клеток, предиктивные и прогностические маркеры и терапевтические мишени. Данная методология – ключ к пониманию особенностей функционирования живых организмов в нормальных и патологических условиях и разработке принципиально новых подходов персонализированной терапии заболеваний.